Son édition comprend six numéros par an, dont un est consacré à un thème particulier traitant une affection ou un groupe d’affections tropicales. Les anciens numéros thématiques ont traité les sujets suivants :
- peau et tropiques
- œil et tropiques
- psychiatrie transculturelle
- le polynucléaire éosinophile
- médecine des voyages
- virologie tropicale
- PEC du paludisme dans les armées
- trypanosomiase humaine africaine
Un numéro « Actualités du Pharo » comprend les actes de la conférence annuelle du même nom organisée par l’Institut. Cette tribune annuelle, qui intéresse les spécialistes en pathologie exotique, est consacrée à des thèmes de médecine ou de santé publique, et permet des communications libres en médecine tropicale

La revue Médecine Tropicale comprend 104 pages dont 32 pages « Magazine » et 72 pages « Articles proposés à Comité de Lecture ». La partie magazine, à but pédagogique, est composée de rubriques diverses : avancée – innovation – initiative, destination tropiques, revue générale – synthèse, technique, focus, pharmatrop – mycotrop – à l’écoute des spécialités, libre opinion – tribune, image, en direct, sur place, actualités tropicales, émergence, solidarité, autres : économie de la santé, histoire de la médecine…

Le tirage de la revue est d’environ 5000 exemplaires, la clientèle étant essentiellement composée de médecins exerçant dans les pays en développement. La revue est distribuée dans le réseau des 500 bibliothèques bleues créé et mis en place par l’OMS.